１．解析に用いるPCについて
意外と普通のノートPCでも頑張ってくれます。管理者は、5年前に購入したASUSのUX430Uというモデルを使用しています。数万程度のSNP数のVCFであれば、このPCでも十分に解析を行うことができています。ちなみにOSはWindows 10ですが、後述するWSL2をインストールすることによって、Linux（Ubuntu）を使えるようにしています。
２．解析環境について
ひと昔前であれば、高額なPCを購入したり、共用のサーバにスペースを借りたりする必要がありましたが、最近では個人でも簡単に環境を整えることができるようになってきました。
方法はいくつかあります。下記に列挙すると、
１．Macを使う（これが最も簡単）
２．Windows PCの場合、WSL2のUbuntuを導入し、仮想的なLinux環境を準備する
３．遺伝研スパコンのような、外部共用サーバを利用する
４．Linux PCを購入し、外部からのSSH接続が可能なサーバを構築する
一番簡単なのは、Mac OSのPCを使うことです。OSがLinuxと同じUnix系であるため、一般的なNGS解析用ソフトがほぼそのまま動きます。コマンドラインによる操作もデフォルトでインストールされている「ターミナル」を用いて行うことができます。
とは言っても、多くの方はWindows PCを用いられていると思います。管理者も同様です。今からMacBookに買い替えるのも負担が大きいので、WSL2をインストールし、仮想的にUbuntu（Linuxのディストリビューションの一つです）を使えるようにするのが良いでしょう。WSL2のインストールの方法については、こちらなど、わかりやすく解説されたサイトがたくさんありますので、本稿では割愛します。
Follow me!
コメント