Bioinformatics 集団構造解析①PCA（主成分分析-PLINKの場合）
主成分分析のツールとして、下記記事でFlashPCA2をご紹介しましたが、WSL2のUbuntuでは動作しない場合があることがわかりました。そこで今回は、PLINKを使った方法をご紹介します。
1. ダウンロードとインス...
Bioinformatics Bioinformatics 集団構造解析①PCA（主成分分析-FlashPCAの場合）
基本的な集団構造解析の1つ目、主成分分析（Principal Component Analysis; PCA）について説明します。使いやすい解析ツールや図示例も合わせて解説しますので、是非最後までお読みください。
1. 主成...
Bioinformatics 集団構造解析を行うための準備
ここでは、集団構造解析を行うにあたり必要な準備について解説します。主に解析用の遺伝子型ファイル（VCFファイル）のフィルタリングの手順について述べます。
1. フィルタリング用ツールのインストール
1.1. VCFtoolsの...
Bioinformatics Fastqファイルの前処理
1. Fastqファイルの前処理とは
ダウンロードしてきた（もしくは自分で取得した）Fastqファイルは、いわば不純物を含んだ「原石」の状態で、そのまま解析に使うのは好ましくありません。
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Bioinformatics Fastqファイルのダウンロード
Illuminaなどのシーケンサーで取得した塩基配列は、「FASTQ形式」で記述されています。すべての解析は、このFastqファイルを入手するところから始まります。ここでは、インターネット上のデータベース上に公開されているFastqファイ...
Bioinformatics 解析環境の準備
１．解析に用いるPCについて
意外と普通のノートPCでも頑張ってくれます。管理者は、5年前に購入したASUSのUX430Uというモデルを使用しています。数万程度のSNP数のVCFであれば、このPCでも十分に解析を行うことができてい...