プロフィール

2021.07.03

イネ、ウメを愛する研究者です。2年間研究を離れていましたが、再びの人事異動により、2023年8月現在はカンキツの育種に関する研究を行っています。
専門は植物遺伝育種学、集団遺伝学、バイオインフォマティクス解析等。学生時代はイネ、社会に出てからはウメを材料にして、栽培化や品種分化に関する解析、有用農業形質を支配する遺伝要因の同定などを行ってきました。
本ブログでは、筆者がこれまでに習得した研究手法や解析のノウハウ等を中心に、「今更聞けない」をテーマに農学研究者の皆様のお役に立てるような情報を発信したいと考えています。
また、一般の方向けに科学の面白さをわかりやすくお伝えできるような記事も随時執筆していきたいと考えています。

研究業績

原著論文

  • Numaguchi K., Kitamura Y., Kashiwamoto T., Morimoto T., Oe T. (2023) Genomic region and origin for selected traits during differentiation of small-fruit cultivars in Japanese apricot (Prunus mume). Molecular Genetics and Genomics. https://doi.org/10.1007/s00438-023-02062-w
  • Numaguchi K., Kashiwamoto T., Ishikawa R., Ishii T., Kitamura Y. (2023) Genome-wide association study detects loci involved in scab susceptibility in Japanese apricot. Horticulturae 9: 872. https://doi.org/10.3390/horticulturae9080872
  • Sugiyama S., Sakuta M., Tsujimura Y., Yamaguchi Y., Htun T. M., Inoue C., Numaguchi K., Ishii T., Ishikawa R. (2023) Detection of novel loci involved in non-seed-shattering behaviour of an indica rice cultivar, Oryza sativa IR36. Molecular Genetics and Genomics 298: 943-953. https://doi.org/10.1007/s00438-023-02027-z
  • Ishikawa R., Castillo C. C., Htun T. M., Numaguchi K., Inoue K., Oka Y., Ogasawara M., Takama N., Orn C., Inoue C., Nonomura K., Allaby R., Fuller D. Q., Ishii T. (2022) A stepwise route to domesticate rice by controlling seed shattering and panicle shape. Proceedings of the National Academy of Sciences 119: e2121692119. https://doi.org/10.1073/pnas.2121692119
  • Morimoto T., Murai Y., Yamauchi R., Kitamura Y., Numaguchi K., Itai A. (2022) Phenotypic diversity of organic acids, sugars and volatile compounds associated with subpopulations in Japanese apricot (Prunus mume) cultivars. The Horticulture Journal 91: 33-41. https://doi.org/10.2503/hortj.UTD-301
  • Morimoto T., Kitamura Y., Numaguchi K., Itai A. (2021) Characterization of transcriptomic response in ovules derived from inter-subgeneric hybridization in Prunus (Rosaceae) species. Plant Reproduction 34: 255-266. https://doi.org/10.1007/s00497-021-00423-2
  • Numaguchi K., Akagi T., Kitamura Y., Ishikawa R., Ishii T. (2020) Interspecific introgression and natural selection in the evolution of Japanese apricot (Prunus mume). The Plant Journal 104: 1551-1567. https://doi.org/10.1111/tpj.15020
  • Numaguchi K., Kitamura Y., Ishikawa R., Ishii T. (2020) Estimation of demographic history of Japanese and Taiwanese populations in Prunus mume using SSR marker genotypes. Journal of Crop Research 65: 31-35. https://doi.org/10.18964/jcr.65.0_31
  • Numaguchi K., Ishio S., Kitamura Y., Nakamura K., Ishikawa R., Ishii T. (2019) Microsatellite marker development and population structure analysis in Japanese apricot (Prunus mume Sieb. et Zucc.). The Horticulture Journal 88: 222-231. https://doi.org/10.2503/hortj.UTD-013
  • Tsujimura Y., Sugiyama S., Otsuka K., Htun T. M., Numaguchi K., Castillo C., Akagi T., Ishii T., Ishikawa R. (2019) Detection of a novel locus involved in non-seed-shattering behaviour of Japonica rice cultivar, Oryza sativa ‘Nipponbare’. Theoretical and Applied Genetics 132: 2615-2623. https://doi.org/10.1007/s00122-019-03376-3
  • Nakaune R., Takeda T., Numaguchi K., Nakazono-Nagaoka E., Fujikawa T. (2018) Ampeloviruses associated with incomplete flower syndrome and leaf-edge necrosis in Japanese apricot. Journal of General Plant Pathology 84: 202-207. https://doi.org/10.1007/s10327-018-0781-8
  • Kitamura Y., Habu T., Yamane H., Nishiyama S., Kajita K., Sobue T., Kawai T., Numaguchi K., Nakazaki T., Kitajima A., Tao R. (2018) Identification of QTLs controlling chilling and heat requirements for dormancy release and bud break in Japanese apricot (Prunus mume). Tree Genetics & Genomes 14: 33. https://doi.org/10.1007/s11295-018-1243-3
  • Morimoto T., Kitamura Y., Numaguchi K., Akagi T., Tao R. (2019) Characterization of post-mating interspecific cross-compatibility in Prunus (Rosaceae). Scientia Horticulturae 246: 693-699. https://doi.org/10.1016/j.scienta.2018.11.045
  • Numaguchi K., Takeda T., Tsuchida Y., Nakaune R. (2018) Large-scale field survey reveals overall yield loss in Japanese apricot possibly caused by two ampeloviruses. Journal of General Plant Pathology 85: 116-121. https://doi.org/10.1007/s10327-018-0831-2
  • Kitamura Y., Yamane H., Yukimori A., Shimo H., Numaguchi K., Tao R. (2017) Blooming date predictions based on Japanese apricot ‘Nanko’ flower bud responses to temparatures during dormancy. HortScience 52: 366-370. https://doi.org/10.21273/HORTSCI11253-16
  • Ishii T., Numaguchi K., Miura K., Yoshida K., Thanh P. T., Htun T. M., Yamasaki M., Komeda N., Matsumoto T., Terauchi R., Ishikawa R., Ashikari M. (2013) OsLG1 regulates a closed panicle trait in domesticated rice. Nature Genetics 45: 462-465. https://doi.org/10.1038/ng.2567
  • 沼口孝司・江畑真美・仲慶晃・間佐古将則・武田知明・大江孝明（2023）ウメ’露茜’に発生した斑入果からのホップ矮化ウイロイドplum系統（HSVd-plum）の検出と対策．和歌山県農林水産試験研究機関研究報告 11: 49-59. https://www.pref.wakayama.lg.jp/prefg/070100/070109/kanko/3_1_kenpo_d/fil/kenpo11.pdf
  • 柏本知晟・丸　章彦・松浦聖子・沼口孝司（2022）露地栽培のウメにおける各種抗生物質剤の残留性．和歌山県農林水産試験研究機関研究報告 10: 75-81．
    https://www.pref.wakayama.lg.jp/prefg/070100/070109/kanko/3_1_kenpo_d/fil/kenpo10.pdf
  • 沼口孝司・北村祐人・武田知明・下村友季子・綱木海成・柏本知晟・島津康・菱池政志・岩本和也・根来圭一・中一晃・林恭平・土田靖久・大江孝明（2021）ウメ’星秀’の育成．和歌山県農林水産試験研究機関研究報告 9: 73-85．https://www.pref.wakayama.lg.jp/prefg/070100/070109/kanko/d00206434_d/fil/R2_houkoku08.pdf
  • 沼口孝司（2020）遺伝子流動や自然／人為選抜を伴ったウメの進化過程について．アグリバイオ 4: 56-57．
  • 北村祐人・沼口孝司・仲慶晃（2020）花芽の温度要求性モデルを利用したウメ’南高’における開花期予測簡易プログラムの実装．和歌山県農林水産試験研究機関研究報告 8: 79-84．https://www.pref.wakayama.lg.jp/prefg/070100/070109/kanko/d00203578_d/fil/07ume2.pdf
  • 北村祐人・武田知明・沼口孝司・土田靖久・根来圭一・林恭平・岩本和也・菱池政志・中一晃・島津康（2018）黒星病抵抗性ウメ’星高’の育成と減農薬栽培への可能性の評価．和歌山県農林水産試験研究機関研究報告 6: 27-35．https://www.pref.wakayama.lg.jp/prefg/070100/070109/kanko/3_1_6_kenpo06.html
  • 沼口孝司・北村祐人（2018）FTA®カードを用いた簡便なウメDNA固定および長期保存．和歌山県農林水産試験研究機関研究報告 6: 73-78．https://www.pref.wakayama.lg.jp/prefg/070100/070109/kanko/3_1_6_kenpo06.html

特許等

  • 北村祐人・沼口孝司・土田靖久・大江孝明・武田知明・岩本和也・島津康・林恭平・菱池政志・中一晃・根来圭一（2021）星秀．登録番号 28814．https://www.hinshu2.maff.go.jp/vips/cmm/apCMM112.aspx?TOUROKU_NO=28814&LANGUAGE=Japanese
  • 石尾将吾・沼口孝司・石井尊生・石川亮（2021）ウメのクローン識別のためのDNAプライマーセット．特許第6998735号(P6998735)．https://www.j-platpat.inpit.go.jp/p0200

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